L'intrigue de la saison 2 suit complètement la saison 1. On y retrouvera au 1er épisode l'arrivée d'un nouvel ami de Yugi. Celui ci se nommera Duke Devlon. Un avant goût de cette 2ème saison va nous être lancer rapidement en se plongeant dans l'histoire avec l'arrivée d'un  prétendu ghoul qui n'est autre que Bandit Kierce. Beaucoup de ghouls vont apparaître dans la saison 2. Mais la vrai intrigue va prendre forme lorsque kaiba prendra conscience de son passé en rencontrant Isis.

Durant l'épisode 53 Kaiba instaura un nouveau tournoi de duel de monstre avec de nouvelle règle bien plus complexe.  Ce tournoi se nommera BATTLE CITY et prendra fin pendant la saison 4.
Les personnages vont se découvrir de nouveaux buts. Pour Yugi sa quête sera tout simplement de retrouver les traces de son passée et d'en apprendre un peu plus sur lui et sa famille. Pour Kaiba, il lui sera en jeu de gagner les trois cartes dieux et d'être le maître suprême de duel de monstre. Joey quant à lui va essayer de gagner le tournoi pour montrer a sa soeur il l'aime et qu'il peut affronter tout les dangers pour elle. Le but des 25 derniers épisodes sera de montrer le déroulement du tournoi et faire connaître le vrai passé de Yugi et Kaiba .

Les principaux personnages sont toujours là et quelques nouveaux duellistes font leur apparition:

-Yugi et son double
-Joey
-Tristan
-Tea
-Bakura et son double
-Mai
-Insector Haga
-Rex raptor
-Salomon (le grand-père de Yugi)
-Seto (Kaiba)
-Pegasus
-Mako Tsunami
-Bonz
-Bandit Kierce (ghoul)
-Duke
-Seeker (le ghoul possédant Exodia)
-Pandora (ghoul)
-le masque de la lumière (ghoul)
-le masque des ténébres (ghoul)
-Esper Roba
-Isis
-Marik et son double (chef des ghouls)
-Rishid (ghoul)
-Sérinity
-Magnum
-Johnny

Il y a beaucoup de combat simple (1 contre 1). On rencontrera tout de même 1 duel en double (2 contre 2) durant cette saison. 

-Yugi contre Duke (fin du combat avec les monstres des dés)
-Yugi contre bandit Kierce (ghoul)
-Yugi contre Johnny
-Kaiba contre une machine expérimentale
-Joey contre Seeeker (ghoul)
-Yugi contre Seeeker (ghoul)
-Joey contre Esper Roba
-Yugi contre Pandora (ghoul)
-Joey contre Insectoraga
-Yugi contre le mime possédant le dieu Osiris (ghoul)
-Joey contre Mako Tsunami
-Yugi et Kaiba contre le masque de la lumière et le masque des ténébres (ghouls)
-Yugi contre Joey (controlé par Marik)
-Bakura contre Bonz
-Joey contre Magnum

Voila le nom de tout les épisodes de la saison 2:

49.le duel des monstres des dés partie 4
50.le mystérieux duelliste partie 1
51.le mystérieux duelliste partie 2
52.le passé est prolongé
53.un duel dansant
54.Obelisque le tourmenteur
55.Traqué par les chasseur de cartes rares
56.Yugi contre le chasseur de cartes rares
57.la destruction d'Exodia
58.Medium psyché
59.Tissé pour gagner
60.Duel de magicien des ténébres
61.le péril de Pandora
62.la magicienne des ténébres
63.le saccage d'Insectoraga
64.Joey désinsectisé
65.la première apparition de Marik
66.deux contre un
67.une défaite sans fin
68.retour des profondeurs
69.pecher pour gagner
70.ennui par deux partie 1
71.ennui par deux partie 2
72.ennui par deux partie 3
73.ennui par deux partie 4
74.duelliste défait
75.le meilleur des amis,le pire des ennemis partie 1
76.le meilleur des amis,le pire des ennemis partie 2
77.le meilleur des amis,le pire des ennemis partie 3
78.le meilleur des amis,le pire des ennemis partie 4
79.un duel fantomatique
80.Magnum,le maître ninja

La deuxième saison est basée sur le tournoi de Kaiba: Battle city. Le tournoi va avoir lieu de cette façon: il va y avoir 8 semi finaliste sur 40 duellistes. Pour être parmi ces duellistes, il faut gagner 6 battles cards: Au début du tournoi, ont vous donne 2 battles cards, les 4 autres sont a gagner en battant les autres duellistes. Mais le gagnant du duel gagne aussi la carte la plus rare de l'autres joueur. Joey va gagner 6 battles cards en battant Esper Roba, Insecor Haga et Mako Tsunami.
Joey va gagner Psycho Shocker (Jinzo), la reine des insectes, la grosse mite et le légendaire homme poisson. Pour sa part, Yugi affrontera que des ghoul: Seeker, Pandora, le mime qui possède Osiris et le masque des ténèbres ainsi que son complice : le masque de la lumière.
Il ne remportera aucune cartes de ses adversaires car il refuse de le leur voler. Et oui, c'est un bon croyant en l'âme des cartes. On sait aussi que Mai, Bakura et kaiba vont se qualifier en gagnant des battles card. Je vous laisse la surprise des trois autres participants car vous les découvrirez dans la saison 3 ^^.

L'évolution des personnages est moins flagrante que dans la saison 1 mais toujours présente.
Joey va devenir un des meilleurs duellistes du monde grâce a ses nouvelles cartes : Psycho Shocker, la reine des insectes,l a grosse mite et le légendaire homme poisson. Yugi deviendra quant à lui plus fort grâce à certaines cartes qu'il utilise comme Buster Blade ou les cylindres magiques. Il va devenir presque imbattable avec son dieu Osiris qu'il va gagner.
Kaiba lui aussi sera très puissant avec son nouveau .Ses cartes puissantes comme collier de destruction vont beaucoup l'aider. Il va aussi avoir le soldat géant de l'Obélisque.

On sait maintenant qui possède les derniers objets du millénium. Même si l'oeil du millénium de Bakura n'est pas présent dans cette saison. Voila les objets et leurs propriétaires qui apparaissent:
-le puzzle du millénium de Yugi
-l'anneau du millénium de Bakura
-le collier du millénium de Isis
-la hache du millénium de Marik
(l'oeil du millénium appartient a Bakura et la balance ainsi que la clé du millénium appartiennent a Shadi). On en apprend un peu plus sur les objets du millénium grâce a Isis qui dévoile à kaiba une vieille tablette ramené d'Egypte montrant Yugi et Kaiba s'affrontant avec des monstres (magicien des ténèbres et dragon blancs) il y a 3000 ans....

Voici les cartes les plus puissantes que l'on voit dans cette seconde saison:
-le dragon volant d'Osiris (xxxx/xxxx)
-le soldat géant de l'Obélisque (4000/4000)
-le masque de l'enfer (3200/2500)
-dragon blanc aux yeux bleus (3000/2500)
-Zera (2800/2300)
-Buster blade ,le chasseur de dragon (2600/2300)
-le magicien des ténèbres (2500/2100)
-le bête des mers (2400/2000)
-Psycho Shocker (2400/1500)
-dragon noir aux yeux rouges (2400/2000)
-la baleine forteresse (2350/2150)

C'est dans cette saison qu'arrive la société des ghouls. Les ghouls sont des duellistes très forts possédant des cartes rares (certaines sont des fausses cartes d'ailleurs).Les ghouls attaquent les duellistes ayant des cartes rares et essayent de les battre pour les leurs gagner. Le chef des ghouls n'est autre que Marik, celui qui a été choisit par la hache du millénium er qui lui permet de contrôler n'importe qui. Yugi va essayer de démanteler cette organisation mais les ghouls sont très nombreux. Il va quand même battre les plus forts d'entre eux comme Pandora, les masques et bien d'autres encore...

-la saison 2 comporte 35 épisodes
-la saison 2 comporte 25 personnages
-la saison 2 présente 15 combats
-la saison 2 montre 4 objets du millénium dont 2 nouveaux

Après le début de la saison 2 qui suit la saison 1, une nouvelle saga commence ; celle du nouveau tournoi : Battle city, qui va dévoiler les origines de Yugi (et de Kaiba....)